Husby kirke blev formentlig opført allerede i 1200-tallet.

I 1489 blev kirken i sin nuværende form med to sidekapeller opført.
Det fremgår af en inskription, som blev afdækket i 2007 i forbindelse med restaureringen af kirken.

Dekorationerne, som blev fremdraget under kirkens restaurering, er fuldstændig de samme, som ses i Sandager kirke. Der må altså være tale om samme murermester.
Husby kirke har siden middelalderen tilhørt grevskabet Wedellsborg. Først i 1990 blev kirken selvstændig.